苏州拙政园介绍:建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测 不错 - 逸仙时空BBS

发信人: Xanadu (Albert), 信区: SS            标  题: 建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测 不错             发信站: 逸仙时空 Yat-Sen Channel (Tue Jan 18 17:58:19 2011)                        其实不要把用电脑写代码总局限在IT上吧 如果用到生物上 都是很简单的 但成果很显著                                    看看华大基因（BGI） 他们之前就是做拼接的SOAP软件 就是华工大三在读的俩学生在那里            实习时开发的 最近在华大“监工”才体会到他们说   生物信息软件coding的最牛人，最            佳年龄是大三  其次本科 其次博后 其次博士 最后才是研究生  囧 其实是有道理的 （当            然 我们做BT的是做下游分析啦 数据处理不是我们很感兴趣的 虽然数据拼接的准确度很重            要）                        华大的野心是很大的 在有比他好的BWA等基础上还开发SOAP  并不断改进  如果所有人都            用它们的SOAP做拼接他们就是行业标准！                        同时他们还在搞注释，预测PATHWAY的软件的开发！更重要的行业标准 想想吧！过n年你去            医院测好序列后是他们的SOAP来拼接数据，他们的软件来预测出现问题的通路基因 如果这            是世界标准，那么每一个医生都照他们的分析结果来开药，所有人的性命福祉 都掌握在这            一家公司手上！                        如果你是学软件的 还在考虑网站和新的平板平台系统 那还是有点短视啊 ！                        当然 入行需谨慎 他们现在人的工资还是蛮低的 对比深圳的腾讯等这些IT公司来说 不过            这800多做信息的和其他实验平台的共3K人 他们都像打了鸡血一样。。。 仅做参考            --                        ※ 来源:．逸仙时空 Yat-Sen Channel http://argo.sysu.edu.cn [FROM: 120.196.125.172]            

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发信人: Xanadu (Albert), 信区: SS            标  题: Re: 建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测             发信站: 逸仙时空 Yat-Sen Channel (Tue Jan 18 18:01:15 2011)                        做得好的 像华工那两个 罗瑞邦 金鑫  已经是nature作者了                        按深圳市的人才鼓励政策，这可不是虚名，都是真金白银了！            给个链接：            http://news.163.com/10/0409/09/63QMUGBJ000146BB.html                        2009年8月,创新班本科四年级学生邵浩靖在《科学》杂志发表了论文《40个基因组的重测            序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因》。                        2009年12月,《自然》生物技术分刊上发表了论文《构建人类泛基因组序列图谱》,首次提            出了“人类泛基因组”概念,并列第一作者罗瑞邦、署名作者金鑫分别为华工创新班本科三            年级、四年级学生。                        2001年3月,《人体肠道菌群元基因组参考基因集的构建工作》在《自然》杂志以封面故事            的形式发表,创新班四年级本科生李俊桦、谢寅龙参与署名,分别排名第12位、第20位。                                    【 在 Xanadu (Albert) 的大作中提到: 】            : 其实不要把用电脑写代码总局限在IT上吧 如果用到生物上 都是很简单的 但成果很?.            :             : 看看华大基因（BGI） 他们之前就是做拼接的SOAP软件 就是华工大三在读的俩学生?.            : 实习时开发的 最近在华大“监工”才体会到他们说   生物信息软件coding的最牛人..            : 佳年龄是大三  其次本科 其次博后 其次博士 最后才是研究生  囧 其实是有道理的..            : 然 我们做BT的是做下游分析啦 数据处理不是我们很感兴趣的 虽然数据拼接的准确?.            : 要）            :             : 华大的野心是很大的 在有比他好的BWA等基础上还开发SOAP  并不断改进  如果所有..            : 用它们的SOAP做拼接他们就是行业标准！            :             : 同时他们还在搞注释，预测PATHWAY的软件的开发！更重要的行业标准 想想吧！过n?.            : 医院测好序列后是他们的SOAP来拼接数据，他们的软件来预测出现问题的通路基因 ?.            : 是世界标准，那么每一个医生都照他们的分析结果来开药，所有人的性命福祉 都掌?.            : 一家公司手上！            :             : 如果你是学软件的 还在考虑网站和新的平板平台系统 那还是有点短视啊 ！            :             : 当然 入行需谨慎 他们现在人的工资还是蛮低的 对比深圳的腾讯等这些IT公司来说 ..            : 这800多做信息的和其他实验平台的共3K人 他们都像打了鸡血一样。。。 仅做参考            --                        ※ 来源:．逸仙时空 Yat-Sen Channel http://argo.sysu.edu.cn [FROM: 120.196.125.172]            

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发信人: Xanadu (Albert), 信区: SS            标  题: Re: 建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测             发信站: 逸仙时空 Yat-Sen Channel (Tue Jan 18 18:02:05 2011)                        华工明显抢占先机。。。。。                        【 在 Xanadu (Albert) 的大作中提到: 】            : 其实不要把用电脑写代码总局限在IT上吧 如果用到生物上 都是很简单的 但成果很?.            :             : 看看华大基因（BGI） 他们之前就是做拼接的SOAP软件 就是华工大三在读的俩学生?.            : 实习时开发的 最近在华大“监工”才体会到他们说   生物信息软件coding的最牛人..            : 佳年龄是大三  其次本科 其次博后 其次博士 最后才是研究生  囧 其实是有道理的..            : 然 我们做BT的是做下游分析啦 数据处理不是我们很感兴趣的 虽然数据拼接的准确?.            : 要）            :             : 华大的野心是很大的 在有比他好的BWA等基础上还开发SOAP  并不断改进  如果所有..            : 用它们的SOAP做拼接他们就是行业标准！            :             : 同时他们还在搞注释，预测PATHWAY的软件的开发！更重要的行业标准 想想吧！过n?.            : 医院测好序列后是他们的SOAP来拼接数据，他们的软件来预测出现问题的通路基因 ?.            : 是世界标准，那么每一个医生都照他们的分析结果来开药，所有人的性命福祉 都掌?.            : 一家公司手上！            :             : 如果你是学软件的 还在考虑网站和新的平板平台系统 那还是有点短视啊 ！            :             : 当然 入行需谨慎 他们现在人的工资还是蛮低的 对比深圳的腾讯等这些IT公司来说 ..            : 这800多做信息的和其他实验平台的共3K人 他们都像打了鸡血一样。。。 仅做参考            --                        ※ 来源:．逸仙时空 Yat-Sen Channel http://argo.sysu.edu.cn [FROM: 120.196.125.172]            

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发信人: cowgirl (@先驱，山梨), 信区: SS            标  题: Re: 建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测             发信站: 逸仙时空 Yat-Sen Channel (Wed Jan 19 13:37:51 2011), 转信                        这个还需从上到下的变革和认识吧                        【 在 Xanadu (Albert) 的大作中提到: 】            : 做得好的 像华工那两个 罗瑞邦 金鑫  已经是nature作者了            :             : 按深圳市的人才鼓励政策，这可不是虚名，都是真金白银了！            : 给个链接：            : http://news.163.com/10/0409/09/63QMUGBJ000146BB.html            :             : 2009年8月,创新班本科四年级学生邵浩靖在《科学》杂志发表了论文《40个基因组的重测            : 序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因》。            :             : 2009年12月,《自然》生物技术分刊上发表了论文《构建人类泛基因组序列图谱》,首次提            : .................（以下省略）                        --             ⊿▆▆▆▆    ▆▆▆▆     ▆▆▆▆   ⊿▆▆▆▆ ▆       ⊿▆▆▆             ▇          ▇        ▇ ▇        ▇ ▇         ▇       ▇ I got the memory.             ▇          ▇        ▇ ▇        ▇ ▇         ▇       ▇▆▆▆             ▇          ▇        ▇ ▇        ▇ ▇         ▇       ▇             ▇      ▇  ▇        ▇ ▇        ▇ ▇      ▇ ▇       ▇             ◥▆▆▆▆    ▆▆▆▆     ▆▆▆▆   ◥▆▆▆▆ ◥▆▆▆ ◥▆▆▆                         ※ 来源:．逸仙时空 Yat-Sen Channel argo.sysu.edu.cn．[FROM: 183.3.175.176]            

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发信人: Xanadu (Albert), 信区: SS            标  题: Re: 建议：软件学院的做生物信息 拼接 或者注释 通路预测             发信站: 逸仙时空 Yat-Sen Channel (Wed Jan 19 17:10:34 2011)                        额 很高兴有人re 再把其他论坛上给别人答疑的回帖贴出来）                        回复 4# chw521                         恩 其实方法蛮多的 找些生物信息的书入门 可以看些基础 比如说序列数据的格式etc 不            过这个行业目前一日千里 书上的大多很过时了。。比如拼接denovo等就是二代测序仪出来            后这两年才有的  不过一些原理还是不变的 （当然有兴趣的话除了拼接和通路分析的算法             研究下下游生化或者基因注释的知识也不错）而且这个不易过时）                        其实入行这种东西 主要是有兴趣 最好是有项目带着进来快点 如果没经费自己测样本数据            分析的话 可以用公共数据库（网上有很多 mirbase啊 epi的啊 从DNA到表达谱到蛋白质谱             各种 光ncbi的公共ftp就够大了 基本上所有发的文章都会上传原始数据到他们的ftp供其            他人验证或者深挖）                                     当然 公共数据库就主要是做进化了   不过现在有1000人的数据 对应于各个国家各个eth            nic 所以可以做这些差异分析 结合当地xx的发病率等等   这些看起来不如疾病样本测起            来带劲 不过只要做出些东西 就可以滚雪球一样伸到经费 有了钱 就可以做想做的样了 现            在测全套 从DNA到表达到甲基化表观 一个人的样本大概200w RMB  当然这是不筛选的 如            果只测重要的部分 如外显子之类 用免疫共沉淀等技术把想测的抓下来 这样就只有大概十            分之一的费用了  （这个费用是委托BGI的价，自己买测序仪的话 目前二代最新的Hiseq2            000要近1000w，454的要250w+，不过买下来的话测的成本就很便宜了 一次跑样的试剂价耗            材也就十几万，两天时间大概60多G的数据就出来了， 人DNA一倍深度只有3G）            上面说的这是GGB（Genetics Genomics & Bioinformatics）                                    只做Computational Biology的话那就更简单了，找些相关的书，搜下相关paper，看下最            新的PAUP，BWA，SOAP这样的软件，上网搜下源码，分析下源码，比他们做的更好就是了）                                                抛砖引玉 我也不想十几年后小命掌握在BGI手中。。只有华大一家可以选择。。。。。。            。。。