抗日战争中，孙元良在国难当头之际，贪财好色，不仅将国防工事费贪入自己的腰包，还令人发指地强行占有了上海学生慰问团的漂亮女学生，其恶劣行径，遭到了其他正直的国民党军官的鄙夷和不齿。时任第八十八师军械处主任兼南京通讯处主任的葛天回忆道：

　　“（1937年）10月上旬我到上海，那天正好遇到上海学生代表在四行仓库八十八师师部慰劳，这时孙元良看到一个女学生代表眉清目秀，就以花言巧语要该女生单独在师部多玩一下，企图强奸。这个情况被该师副师长冯圣法知道后，曾前往劝解无效。这时我到师部，冯要我再去一劝。我照冯意对孙劝说后，他竟说：‘英雄总是和美人联系在一起的，自古英雄都喜欢美人，尤其是我们在上海作战有功，做这一点小事没有什么。’”

　　“在‘八一三’战事发生后，上海人民同全国人民一样，都是满腔热情，以自己的实际行动来拥护抗战。有的直接参加战斗，有的节衣缩食集资慰劳军队，凡是军队需要的物品，应有尽有。孙元良曾派师少将参谋长张柏亭、上校师附张裕良和上海各团体接洽，将一部分慰劳物资变为现金，孙元良就这样从中渔利。……还令该师军需主任宋尚鲁（宋希濂的亲兄弟）把上海抢劫来的棉纱等偷运武汉出售，所得的钱交我转其妻吴懿辉。”

　　在震惊中外、血肉横飞的南京保卫战中，时任第七十二军军长兼八十八师师长的孙元良率部奉命投入到南京保卫战中，负责守卫南京的制高点雨花台和南京城南。虽然浴血奋战，终因兵力、武器、给养方面的全面劣势，仅仅两三天，外围阵地即告失手，复廓阵地主要方向也被日军突破。

　　1937年12月12日上午，雨花台阵地陷落，日军居高临下，攻击中华门阵地。八十八师二六二旅官兵不顾日军炮火，坚守城垣。此时的孙元良却率师直属队和二六二旅一部擅自向下关撤退，企图渡江北撤。在挹江门内被三十六师师长宋希濂的督战队用机枪“劝阻”，只得返回中华门继续作战。

　　中午，中华门被突破。孙元良“飞将军”本色再现，不通知部下，只顾自己逃跑，谁都不知他藏到什么地方去了。

　　在近年发现的研究南京大屠杀事件中数量最多、保存得最为完整的史料《拉贝日记》中，我们可看到“飞将军”在南京躲藏的佐证：“对于国民党第七十二军军长兼八十八师师长孙元良，拉贝更是关心入微。得知孙藏身在难民营中，拉贝亲自将他接到金陵女子文理学院顶层密室里居住……”

　　可是孙元良在其回忆录中却厚颜无耻地写道：“我既然在江边找不着船，只好钻隙向东面的山地撤退。我们从栖霞山龙谭车站间跨越铁路，南向进入山区。土族同胞殷勤地供给食物，热心地带路，并代我们找船，给了我们不少方便，也添了我们无数伤心！这样，我便带了我的司令部六百多官长兄弟，和一辈子的创痛与耻辱，从龙谭附近渡江，经泰兴、淮阴、徐州、郑州，于1938年3月下旬到了武汉。”

　　孙元良消失得无影无踪后，七十二军包括八十八师群龙无首，在溃退中很多官兵无法渡过长江，在南京城内被日军俘虏，成为日军屠刀下的冤魂。可叹一支精锐的德式虎贲，就这样被葬送了。古城在呻吟，长江在哭泣！

　　抗战胜利后，孙元良的好运气又来了。1946年冬，孙元良调任重庆警备司令。好色之本性依然，常与高级妓女出入舞厅，整天倚红偎翠，花天酒地。

　　1948年初，蒋介石察觉出孙震有保存实力的企图，便欲罢其兵权、拟另派人统辖孙部。孙震为避免军队被蒋吃掉，同时继续保有对旧部的领导权，于是推荐侄子孙元良接替自己，以求两全。蒋考虑到孙元良毕竟出身黄埔嫡系，于是顺水推舟，谕准此事。久失兵权的孙元良青云直上，就任第十六兵团司令高位。接管叔父军队后，孙元良大肆贪污、冒领军饷和勒索、套购黄金等，把老蒋下发给兵团官兵的数十万大洋赏金也贪为己有了。

　　笔者考证，曾经和孙元良在上海南京战场并肩作战的宋希濂在调任徐州“剿总”副总司令前，一听到孙元良在徐州当兵团司令，便明确表示坚决不去：“孙元良我是深知道的，是个把个人看得比什么都高的人，我无法与他共事。”

　　淮海战役大决战打响后，人民解放军摧枯拉朽，势不可当。国民党军队在淮海完全陷入被动后，杜聿明被迫率领邱清泉、李弥、孙元良三个兵团向西南撤退，企图依托淮河，会同蚌埠的李延年、刘汝明兵团解黄维之围。未料在永城地区陈官庄就被华野主力团团包围。杜聿明无奈下令三个兵团分三个方向突围。

　　十分可笑的是，此时孙元良将“飞将军”的本领发挥到了极致。孙元良指令十六兵团所部分散突围。为防杜聿明变卦，孙元良还命令截断电话线，嘱咐指挥部电报一律不收。结果邱清泉和李弥部果然奉杜聿明之命取消突围，孙元良部孤军突围，一万多人在混乱中被歼，军长、师长大多被击毙，残部只得重返包围圈里。

　　富于逃跑经验的孙元良居然化装成中尉副官，趁乱骗过盘查，只身逃脱！后又化装成农民，逃到信阳火车站。1949年1月6日，华野发动总攻，杜聿明、邱清泉等人非死即降。孙元良却辗转回到了南京，苟全了一条生命。

　　随着解放战争的尘埃落定，1949年底，孙元良随兵败的国民党军残部来到台湾。背着战败丧师之责，加上国民党高级将领间的内斗，他精神郁闷，最后选择了退役从商。20世纪70年代初，孙元良一度旅居日本，开了一家名为“天福园”的面馆。1975年，他重返台湾定居高雄，在当地一家针织品公司当董事长。退休后，孙元良到台北定居，闲来无事时著书立传，写下了回忆录《亿万光年中的一瞬》，书中美化自己不说，殊不知书名还弄出个错误来。2007年5月25日，孙元良在台湾辞世，享年一百零三岁，是黄埔一期生中最长寿者。